A finales del siglo XVI se erige una hermandad, en la parroquia de San Miguel, en memoria de las Negaciones y Lágrimas del Príncipe de los Apóstoles, San Pedro, que fue conocida popularmente como la de ‘Los Estudiantes’, por pertenecer sus componentes a la Universidad. Solía hacer la estación de penitencia con un solo paso, en el que figuraba únicamente la imagen de San Pedro, agregándose cada año a alguna otra cofradía. Cambio sucesivamente su sede canónica, pasando por las parroquias de San Lorenzo, San Pedro en 1628, San Ildefonso en 1670 y San Miguel en 1687.
Durante su estancia en la parroquia de San Ildefonso da culto a una dolorosa con la advocación ‘María Santísima Señora Nuestra Madre de Dios de Guadalupe’. En el año 1727 hace su última estación de penitencia saliendo de la iglesia de los Menores, actual parroquia de Santa Cruz. En el año de 1676 existe una hermandad del Santo Cristo de Burgos que reside en la parroquia de San Ildefonso. Quince años después, en 1691, adquiere de la hermandad sacramental de dicha parroquia un ‘pedazo de sitio’ para ampliación de su capilla. Durante este periodo coincide con la cofradía de ‘Las Tres Negaciones y Lágrimas del Príncipe de los Apóstoles Señor San Pedro y María Santísima Nuestra Señora de Guadalupe’ en la mencionada parroquia de San Ildefonso.
En el año 1932 la hermandad del Cristo Burgos encarga al escultor Lorenzo Coulleau-Valera la hechura de un grupo escultórico que representase el momento evangélico de las Negaciones del Príncipe de los Apóstoles, para hacer un tercer paso con el misterio. Esta idea se malogró con el fallecimiento ese mismo año del escultor.
La hermandad desde 1889 posee las reglas que tenían los cofrades del Buen Fin antes del traslado a San Pedro y que forman parte del archivo de la hermandad, si bien se cambia la advocación del crucificado y la sede canóniga. Igualmente también se conservan las reglas de 1932, visadas por la autoridad civil. En el año 1943 la hermandad decide reformar las reglas primitivas y aprobarlas, para adecuarlas a la realidad, a instancias del entonces hermano mayor, Francisco Abaurrea y Álvarez Osorio, fueron aprobadas por el Cardenal Arzobispo de Sevilla, Don Pedro Segura y Sáenz. La autoridad eclesiástica autoriza la refundación de la antigua hermandad de las Negaciones de San Pedro con un decreto que se adjunta a las nuevas reglas.
Certificado Adjunto a las Reglas de 1943
Archidiócesis de Sevilla:
Decreto de fecha 25 de Julio de 1943
El infrascrito doctor D. Emilio Aguilar Vera, Presbítero Notario Habilitado en esta Curia Ecca. del Arzobispado de Sevilla.
Certifico: Que en el expediente número 7104 que obra en esta Curia Ecca. referente a la hermandad del Santísimo Cristo de Burgos, ha recaído un auto del tenor siguiente: Decreto- Vistas las diligencias que anteceden, practicadas en este expediente número 7104, sobre erección de hermandad y aprobación de reglas; con el fin de evitar la coincidencia de dos hermandades con el mismo título y obviar la dificultad que en su informe de treinta de julio de mil novecientos cuarenta y dos, consigna el Ministerio Fiscal de este Arzobispado, accediendo a lo solicitado, en uso de las facultades que nos competen de mandato especial de su Encia. Rvdma. el Sr. Cardenal Arzobispo de esta Diócesis y en conformidad con lo dispuesto en los Cánones 686 y 708, de acuerdo y conformidad con el supradicho dictamen, venimos en refundar y refundamos la extinguida hermandad de las Negaciones y Lágrimas de San Pedro y erigimos de nuevo en la misma iglesia parroquial de San Pedro de esta ciudad a la ‘Hermandad y Cofradía de Nazarenos del Santísimo Cristo de Burgos, Negaciones y Lágrimas de San Pedro y Madre de Dios de la Palma’.
Aprobamos los estatutos de la misma que nos han sido presentados para su régimen y gobierno que según dictamen del Ministerio Fiscal, de tres de los corrientes, están conformes con las disposiciones del Derecho Canónico General de la Iglesia y con las especiales vigentes en esta diócesis. Uno de los ejemplares de los estatutos que por este nuestro decreto aprobamos quedará unido a este expediente y al otro rubricado y sellado en todos sus folios, servirá para el régimen de los hermanos. Al pie de este ejemplar se certificaron por el notario de esta curia, que se ha dictado este auto, insertándolo lateralmente. La hermandad no podrá introducir en lo sucesivo ninguna variación en los estatutos aprobados. Si por las circunstancias de los tiempos fuera preciso hacer alguna modificación, lo discutirán en junta de oficiales y lo propondrán luego al cabildo general de la hermandad. Una vez aprobada la enmienda o enmiendas, lo pedirá la hermandad en instancia, a esta autoridad eclesiástica, acompañando certificación del acta de sesión en que se hubiera aprobado. La junta de gobierno cumplirá y hará cumplir las ordenanzas que para el régimen de las cofradías diocesanas que hacen estación de penitencia en la Semana Santa, se digna en aprobar la autoridad eclesiástica en quince de febrero de mil novecientos cuarenta y tres, y que constan en el ejemplar impreso que se acompaña. Lo decreta y firma el Ilmo. Sr. Vicario General, en Sevilla a seis de julio de mil novecientos cuarenta y tres – Manuel Gómez – Ldo. Antonio Herrera Not. Ecco. Rubricado.
Y para que conste extiendo el presente con el Vc. Bc. del Istmo. Sr. Vicario General en Sevilla a diez y siete de julio de mil novecientos cuarenta y tres.
Vc. Bc. Dr. E. Aguilar
Manuel Gómez (rubricado) Not. Ecco. (rubricado)