En documento fechado el 18 de noviembre de 1573, el escultor se compromete a ejecutar una imagen de un crucificado y una dolorosa en los siguientes términos: «con una corona de espinas y sus cabellos largos y un paño en el cuerpo, según y en la forma que está y lo tiene el Santo Crucifijo de la capilla de San Agustín de esta ciudad…». El 22 de noviembre de 1574 finaliza el encargo que tiene como destino presidir una de las paredes laterales de la capilla funeraria del Licenciado Castañeda en la parroquia de San Pedro. Por el recibo de finiquito se conoce que el coste de la imagen ascendió a cincuenta ducados y que la policromía corrió por cuenta del suegro del escultor, el pintor Juan de Zamora. Las dimensiones de la imagen coinciden con las estipuladas en el encargo «ocho palmos y medio de vara, que tenga desde la cabeza fasta el pie inclusive».
El Cristo de San Agustín de Sevilla fue el primer protagonista de los vía crucis, como el primitivo a la Cruz del Campo, precursor de las procesiones de Semana Santa en Sevilla. Fue muy grande el fervor popular que despertó y son numerosísimas las salidas en procesión de este crucifijo, procesiones de rogativas para que cesaran las sequías y lloviera, por las epidemias de peste, etc.
El día 26 de noviembre de 1809 se organiza en la parroquia de San Pedro una procesión de rogativas por los sucesos de la guerra con los franceses, llevando a la Catedral la imagen del Santísimo Cristo de Burgos que mandara tallar don Juan de Castañeda, de la collación de San Pedro, para su capilla en dicha parroquia, al insigne escultor Juan Bautista Vázquez ‘El Viejo’, considerado hoy como uno de los padres de la escuela escultórica sevillana.
Corría el año 1830 cuando el matrimonio formado por Francisco Gil y Narcisa Arias, feligreses de la parroquia de San Pedro, habilitan unos cuartos que existían debajo de la torre de dicha iglesia y construyen una capilla para dar mejor culto a la citada imagen.
A finales del siglo XIX Manuel Gutiérrez-Reyes Cano transforma la fisonomía de la imagen del crucificado hasta darle el aspecto actual. La reforma consistió en retirar la peluca natural, moldeando otra de estopa y pasta, al tiempo que sustituye el faldellín tubular de tela suelta por un sudario encolado. Posteriormente, el escultor José Ordóñez Rodríguez, a principios del siglo XX, interviene sobre la Imagen, probablemente añadiéndole otra policromía.
El 22 de noviembre de 2024 se cumple el 450 aniversario de la entrega de la imagen y bendición del Santísimo Cristo de Burgos, la talla del Señor documentada más antigua de la Semana Santa de Sevilla.